推荐Notefirst+mendeley我用过几款软件，Endnote， Mendeley， Zotero，NE 和 NoteFirst，这些文献管理软件从功能上各有特色，网上的评论文章也不少，我自己的的使用体验如下：

A. 功能上： 在导入中文文献数据的准确性上， Endnote和Mendeley都出现不同程度的问题，对中文期刊参考文献格式不能很好的支持并且对国标也不能正确理解。这两款是国外软件，主要针对英文作者，没有重点解决中文期刊作者的问题也是可以理解的。值得一提的是Mendeley内置的PDF浏览器，可以直接收录英文的PDF文件，这一个功能很强大。 国内的软件NE可以很好的支持中文文献，但在对国标的细节处理上依旧存在问题， 比如无法自动区别英文文献中的作者是中文作者的汉语拼音， 也不支持中英文双语的参考文献自动形成。 相对来说NoteFirst比较适用于中文科技期刊的作者，全面支持国标并且支持双语参考文献自动形成，这对我这个经常需要投被EI收录期刊的作者来说是非常实用的。

B. 价格上：Endnote和Noteexpress均是收费的软件， Endnote还价格不菲， 只有机构用户才会使用。而Mendeley和NoteFirst都提供免费版本。 功能上对于我这样的科技期刊作者来说已经足够用了。 当然，要写大论文的博士生们，还是用掏点钱使用软件的高级功能吧。

基于以上原因， 我最终选择了Notefirst和Mendeley共同使用， NoteFirst进行文献管理和论文写作， Mendeley进行PDF文件的管理。这是我的经验之谈，谨供你参考。

Endnote 强烈推荐！！！Thomson Reuters 发布 EndNote for Windows （全世界数以百万研究者、图书管理员和学生都在使用的文献管理软件）的一个重要升级。作为一个节省时间的软件，EndNote X3 包括 EndNote Web，交付了使用户更加具有生产力的合作解决方案。EndNote X3 扩展了在离开校园后，用于组织参考和查找全文的方法。Cite While You Write?6?4 现在和 OpenOffice.org Writer 3 集成在了一起，并且独一无二的为化学以及更多风格提供支持。

数以百万计的研究者、学术作家、学生和图书管理员使用 EndNote 来搜索在线参考文献数据库，组织他们各自语言的参考书目、图片和 PDF 文件，以及快速创建参考、涉及书目列表。他们不需要消耗数以小时计的时间来录入参考书目，或者使用索引卡来组织他们的参考书目，而仅仅需要一个简单的方法：使用 EndNote。EndNote 是一个非常有用的工具，集成了如下的多项功能：
-搜索互联网上的参考文献数据库
-组织参考书目、图片和 PDF 文件
-利用嵌入模板构建你的稿件
-在你撰写的时候查看参考书目！

搜索互联网上的参考文献数据库:
-使用 EndNote 的 “Conncet...”和“Search...”命令，你可以搜索互联网上的数据库，就好像搜索你自己电脑上的 EndNote 图书馆一样简单。
-只需要简单的打开超过800个预先定义的连接文件中的任何一个，你已经在线并且可以搜索了。
NoteFirst文献管理软件 （NoteFirst是新一代的网络版文献管理软件，完全支持中文，是国内最专业的文献管理、论文写作工具。软件完美支持网络运行和单机运行的多模式选择， 解决了用户在不同地点不同电脑上轻松同步个人文献数据库的问题。 NoteFirst可以帮助用户通过多种途径高效，自动的搜索（含互联网），下载和管理文献资料， 并自动在Word中形成引文标示和文后参考文献列表。
NoteFirst在功能上不仅具有了主流的文献管理软件所能提供的功能， 还具有全面支持国标GB/T 7714-2005，支持双语参考文献自动形成，支持多语言方案等特有的功能， 是中国科研人员和研究生不可缺少的文献管理和论文写作工具） 个人推荐 JabRef一个非常不错的文献管理软件。更加好用。因为它小巧，跨平台（是用Java编写的），功能强大，并且支持输入BibTex格式的文献信息。由于理论计算机科学领域基本都使用Tex撰写论文，所以对BibTex格式的支持是非常有价值的。 Bibus 不太熟悉 ，也有人用

国外有一些免费开源软件不错，比如Mendeley，Zotero，但一方面不支持中文，另外Zotero只可以配合Firefox使用，不支持IE），国内有两款Notefirst和Noteexpress二者功能上大同小异，各有特点不过Noteexpress要收费，约200左右。Notefirst的普及版是永远免费的，而且功能上几乎没有限制。推荐：Notefirst