1、本质不同：理论研究目的在获得有关现象的新知识；应用研究是为获得新知识而进行的创造性研究。

2、特点不同：理论研究成果以科学论文和科学着作的形式出现；应用研究是确定可能的用途。

3、准则不同：前者具有超前性，后者具有特定的应用目的。

理论研究又被称为基础研究，以认识现象、发现和开拓新的知识领域为目的，一般是没有特定的应用或使用目的，它的开发性质源于好奇心及兴趣。理论研究结果通常具有一般的或普遍的正确性，成果常表现为一般的原则、理论或规律并以论文的形式在科学期刊上发表或学术会议上交流。

应用研究是将基础研究所产生的知识，设法应用到解决人类实际的问题上。具有特定的实际目的或应用目标，研究结果一般只影响科学技术的有限范围。研究成果的表现则更加多样化，除了文章外，还有专利、产品等诸多形式。