文献整理的工具主要包括：
Endnote。这是一款功能强大的文献管理软件，支持多种国际期刊的参考文献格式，并且可以导出文献到多种格式，包括RTF、HTML、XML和TXT。它还内置了多种引文模板，覆盖了大多数SCI期刊的引文格式。然而，Endnote对WPS的支持度不高，不支持标签管理，并且不支持PDF预览。
Zotero。这是一款开源的文献管理软件，可以免费使用。Zotero支持多平台同步，并且可以通过浏览器插件和网页直接操作文献。它还可以自动抓取文献信息生成标签，方便分类管理。
Mendeley。这是一款跨平台的免费文献管理软件，支持从其他文献管理软件导入文献。Mendeley的搜索功能强大，可以搜索PDF文献全文，适合学生使用。
NoteExpress。这是一款国产文献管理软件，对中文文献和中文数据库的支持相对较好。它支持在线更新题录，适合需要处理大量中文文献的用户。
RefWorks。这是一款功能强大的文献管理软件，可以帮助用户自动生成符合要求的论文参考文献。它支持联机个人文献书目管理软件、文献管理软件、题录管理软件，帮助用户建立和管理个人文献书目资料。
此外，还有Readcube、Citavi等其他文献管理工具，各有特点，用户可以根据自己的需求选择合适的工具。