从数据源角度看，自建数据库的数据来源主要是自己收集整理的各个领域的论文，因此具有较高的独特性和个性化，可以涵盖更广泛的学科领域。而其他论文查重系统通过与公开的学术论文数据库进行对比，获得的数据相对标准且较为全面，但可能会存在与自己研究领域的不匹配。
查重算法也是两类系统的重要区别。自建数据库可根据具体需求定制化算法，可根据不同学科的特点进行优化设计，使查重结果更准确、更符合特定要求。而其他论文查重系统则通常采用通用的文本相似性算法，具有一定的局限性。
适用范围也是两类系统的区别之一。自建数据库常用于大型机构、高校等具备完善资源和专业团队的机构，尤其适用于专业领域研究，可以提供个性化的查重服务。而其他论文查重系统则适用于广大科研人员、学生等普通用户，提供标准化的查重服务。
操作方便性也是两类系统之间的差异。自建数据库需要专业技术团队进行数据收集、整理和维护，对于非专业人员来说，使用和操作相对复杂。而其他论文查重系统则提供简单易用的在线服务，用户只需上传论文即可得到查重结果。
自建数据库与其他论文查重系统相比，具备更高的独特性和个性化，可以更好地满足特定需求，但在数据源、查重算法、适用范围和操作便捷性方面与其他系统不同。